本站是普眼菩薩請問修行漸次的一章。普眼菩薩代表與會菩薩和末世眾生，向佛請教兩個具體問題：一是修行時應當如何思惟，二是如何安住持守；同時，他也擔心眾生若沒有正確的方便和思惟，聽到佛說“三昧”會心生迷悶，無法悟入圓覺。佛先稱讚他問得善巧，然後給出了完整的修行路徑。
佛首先說，新學菩薩和末世眾生想求如來的淨圓覺心，應當正念遠離諸幻。具體做法是先依“奢摩他”行，就是止息妄想的止觀法門，同時堅持禁戒，安處徒眾，在靜室中宴坐。然後要常作一種觀想：把身體拆開來看，毛髮、爪齒、皮肉、筋骨、髓腦等歸地大，唾涕、膿血、津液、痰淚、精氣、大小便利歸水大，暖氣歸火大，動轉歸風大。四大各各分離，這個妄身究竟在哪裡？由此知道身體畢竟沒有實體，只是和合的假相，同於幻化。四大假合而有六根，六根與四大內外合成，又積聚成一種“緣氣”，假名為心。這個虛妄心如果沒有六塵就不能存在，四大分解後塵也不可得，所以心也畢竟沒有。這一層是觀身、觀心皆幻。
接著佛講幻滅後的境界：幻身滅了，幻心也滅；幻心滅了，幻塵也滅；幻塵滅了，幻滅本身也滅；最後“非幻不滅”，就像磨鏡，垢盡光明自然顯現。身心都是幻垢，垢相永滅，十方清淨。這裡用摩尼寶珠作喻：寶珠映現五色，愚痴者以為寶珠實有五色；圓覺淨性顯現於身心，愚痴者以為圓覺實有身心自相，因此不能遠離幻化。佛說“身心幻垢”，是為了對治幻垢而說菩薩；垢盡之後，連“對垢”和“說名者”也不存在。
再往下，佛詳細展開“清淨”的層次。菩薩證得諸幻滅影像後，當下得“無方清淨”，無邊虛空從覺性中顯發。覺圓明故，心清淨；心清淨故，見塵清淨；見清淨故，眼根清淨；根清淨故，眼識清淨；然後聞塵、耳根、耳識，乃至鼻、舌、身、意，一層層清淨。六塵清淨後，四大清淨，十二處、十八界、二十五有清淨，十力、四無所畏、四無礙智、佛十八不共法、三十七助道品乃至八萬四千陀羅尼門一切清淨。一切實相清淨故一身清淨，一身清淨故多身清淨，乃至十方眾生圓覺清淨。一世界清淨，多世界清淨，盡虛空圓滿三世一切平等清淨不動。
清淨之後是“覺性遍滿”。虛空平等不動，覺性也平等不動；四大不動，陀羅尼門不動，覺性都平等不動。覺性遍滿清淨不動，圓無邊際，所以六根遍滿法界，六塵、四大、陀羅尼門也遍滿法界。根性、塵性無壞無雜，如百千燈照一室，光遍滿而無壞無雜。覺成就的菩薩不被法束縛，也不求離法，不厭生死，不愛涅槃，不敬持戒，不憎毀禁，不重久習，不輕初學，因為一切覺故，如眼光遍照前境，無憎無愛。
最後，修習此心有所成就時，其實“無修亦無成就”。圓覺普照，寂滅無二，百千萬億佛世界如空花亂起亂滅，不即不離，無縛無脫。這時才知眾生本來成佛，生死涅槃如昨夢。既然如昨夢，生死與涅槃無起無滅、無來無去，所證無得無失無取捨，能證無作無止無任無滅，證中無能無所，畢竟無證亦無證者，一切法性平等不壞。菩薩這樣修行、漸次、思惟、住持、方便、開悟，就不會迷悶。最後佛以偈頌重宣此義。
這一站接上一站普賢章。普賢章已講“幻化”的總體道理，說一切如幻，但如何下手修，還沒有具體展開。普眼章承接這個空白，給出從觀身四大到層層清淨的完整修法，是普賢章“遠離諸幻”的具體化、操作化。下一站金剛藏章，從本站末尾“生死涅槃猶如昨夢”“本來成佛”等說法，自然會引出疑問：既然眾生本來成佛，為何又有生死輪迴？既無修無成就，修行又有什麼意義？這些疑惑很可能就是金剛藏菩薩將要提出的問題，屆時會對圓覺與幻化的關係作更深一層的辨析。