本站是普眼菩萨请问修行渐次的一章。普眼菩萨代表与会菩萨和末世众生，向佛请教两个具体问题：一是修行时应当如何思惟，二是如何安住持守；同时，他也担心众生若没有正确的方便和思惟，听到佛说“三昧”会心生迷闷，无法悟入圆觉。佛先称赞他问得善巧，然后给出了完整的修行路径。
佛首先说，新学菩萨和末世众生想求如来的净圆觉心，应当正念远离诸幻。具体做法是先依“奢摩他”行，就是止息妄想的止观法门，同时坚持禁戒，安处徒众，在静室中宴坐。然后要常作一种观想：把身体拆开来看，毛发、爪齿、皮肉、筋骨、髓脑等归地大，唾涕、脓血、津液、痰泪、精气、大小便利归水大，暖气归火大，动转归风大。四大各各分离，这个妄身究竟在哪里？由此知道身体毕竟没有实体，只是和合的假相，同于幻化。四大假合而有六根，六根与四大内外合成，又积聚成一种“缘气”，假名为心。这个虚妄心如果没有六尘就不能存在，四大分解后尘也不可得，所以心也毕竟没有。这一层是观身、观心皆幻。
接着佛讲幻灭后的境界：幻身灭了，幻心也灭；幻心灭了，幻尘也灭；幻尘灭了，幻灭本身也灭；最后“非幻不灭”，就像磨镜，垢尽光明自然显现。身心都是幻垢，垢相永灭，十方清净。这里用摩尼宝珠作喻：宝珠映现五色，愚痴者以为宝珠实有五色；圆觉净性显现于身心，愚痴者以为圆觉实有身心自相，因此不能远离幻化。佛说“身心幻垢”，是为了对治幻垢而说菩萨；垢尽之后，连“对垢”和“说名者”也不存在。
再往下，佛详细展开“清净”的层次。菩萨证得诸幻灭影像后，当下得“无方清净”，无边虚空从觉性中显发。觉圆明故，心清净；心清净故，见尘清净；见清净故，眼根清净；根清净故，眼识清净；然后闻尘、耳根、耳识，乃至鼻、舌、身、意，一层层清净。六尘清净后，四大清净，十二处、十八界、二十五有清净，十力、四无所畏、四无碍智、佛十八不共法、三十七助道品乃至八万四千陀罗尼门一切清净。一切实相清净故一身清净，一身清净故多身清净，乃至十方众生圆觉清净。一世界清净，多世界清净，尽虚空圆满三世一切平等清净不动。
清净之后是“觉性遍满”。虚空平等不动，觉性也平等不动；四大不动，陀罗尼门不动，觉性都平等不动。觉性遍满清净不动，圆无边际，所以六根遍满法界，六尘、四大、陀罗尼门也遍满法界。根性、尘性无坏无杂，如百千灯照一室，光遍满而无坏无杂。觉成就的菩萨不被法束缚，也不求离法，不厌生死，不爱涅槃，不敬持戒，不憎毁禁，不重久习，不轻初学，因为一切觉故，如眼光遍照前境，无憎无爱。
最后，修习此心有所成就时，其实“无修亦无成就”。圆觉普照，寂灭无二，百千万亿佛世界如空花乱起乱灭，不即不离，无缚无脱。这时才知众生本来成佛，生死涅槃如昨梦。既然如昨梦，生死与涅槃无起无灭、无来无去，所证无得无失无取舍，能证无作无止无任无灭，证中无能无所，毕竟无证亦无证者，一切法性平等不坏。菩萨这样修行、渐次、思惟、住持、方便、开悟，就不会迷闷。最后佛以偈颂重宣此义。
这一站接上一站普贤章。普贤章已讲“幻化”的总体道理，说一切如幻，但如何下手修，还没有具体展开。普眼章承接这个空白，给出从观身四大到层层清净的完整修法，是普贤章“远离诸幻”的具体化、操作化。下一站金刚藏章，从本站末尾“生死涅槃犹如昨梦”“本来成佛”等说法，自然会引出疑问：既然众生本来成佛，为何又有生死轮回？既无修无成就，修行又有什么意义？这些疑惑很可能就是金刚藏菩萨将要提出的问题，届时会对圆觉与幻化的关系作更深一层的辨析。