金剛藏菩薩在這一站問了一個聽上去很繞、實際上極要緊的問題：上一站佛剛講過，眾生本來都是圓滿覺性，那為什麼現在又有無明？如果無明是本來就有的，佛又憑什麼說本來成佛？更進一步，既然眾生原本成佛之後還會起無明，那如來將來是不是也會再起煩惱？這三個問題，金剛藏菩薩把它稱作三種疑惑，而且說得很重，說是要請佛開秘密藏，讓末世眾生聽了能永斷疑悔。
佛的回答，先給了一個總的判斷：一切世界的始終生滅、前後有無、聚散起止，念念相續，循環往復，種種取捨，全是輪迴。只要還沒跳出輪迴，用這顆輪迴的心去辨認圓覺，那圓覺也會跟著流轉，想靠這樣的心來免於輪迴，沒有這個道理。佛打了幾個比方：眼睛動起來，平靜的水面也跟著晃；眼睛定住看旋轉的火把，火就像一圈輪子；雲在走，看起來像月亮在移；船在行，看起來像岸在退。這些錯覺都是因為觀察者自己在動，觀察者沒停，卻說外面的事物在動，這是顛倒的。生死輪迴的心從來沒清淨過，卻想看清楚佛的圓覺，結果只會跟著轉，三個疑惑就是這麼生出來的。
然後佛用幻翳和空花的比喻來說明。眼睛有翳病，才看見空中有花；翳病治好了，不能說這翳是什麼時候滅的、什麼時候還會再起，因為翳和花本來就不是相對存在的東西。空花滅的時候，也不能問虛空什麼時候再起空花，因為虛空本來就沒有花，談不上起滅。生死和涅槃，都是起滅相；妙覺圓照，本來就不在花和翳裡頭。佛又用銷金礦作比喻：金子不是靠銷煉才有的，本來就在礦裡；但已經煉成純金之後，就不會再變回礦石，經過無窮時間金性也不壞。如來的圓覺也是這樣，在妙圓覺心裡，本來沒有菩提和涅槃的分別，也沒有成佛和不成佛的分別，更沒有輪迴和非輪迴的分別。
最後佛點出要害：聲聞修到身心語言都斷滅的境界，尚且到不了他所親證的涅槃，何況用有思惟的心去測度如來的圓覺境界。用螢火燒須彌山，點不著；用輪迴心看輪迴見，想進入如來大寂滅海，到不了。所以佛說，一切菩薩和末世眾生，先斷無始輪迴根本。有造作的思惟從有心起，都是六塵裡的妄想緣氣，不是真實的心體，已經像空花了；再用這種思惟去辨佛境，等於空花上再結空果，展轉妄想，沒有是處。虛妄浮心花樣越多，越不能成就圓覺方便。佛甚至說，這樣分別，不是正問。
這一站接上一站，接得很緊。上一站普眼章講的是依圓覺修行的次第方便，讓眾生朗然開解；金剛藏菩薩正是因為聽了那些話，才生出這個根本的疑問：既然本來是佛，無明從哪來？佛的回答沒有直接解釋無明從哪來，而是指出這個問題本身是用輪迴心問的，輪迴心問不出圓覺的答案。問題不在答案，在提問所用的心。這等於把上一站“修”的功夫，又往前逼了一步：先要認得自己的心還在輪迴裡，不要再拿這個心來盤算佛境。
下一站彌勒章要處理什麼問題，本站沒有交代。但金剛藏章已經把話說到了“先斷無始輪迴根本”，又點明輪迴心的思惟靠不住，那麼接下來的問題自然就落在：輪迴的根本到底是什麼，怎麼斷。彌勒菩薩下一站來問，應該就是順著這個口子往下開。