金刚藏菩萨在这一站问了一个听上去很绕、实际上极要紧的问题：上一站佛刚讲过，众生本来都是圆满觉性，那为什么现在又有无明？如果无明是本来就有的，佛又凭什么说本来成佛？更进一步，既然众生原本成佛之后还会起无明，那如来将来是不是也会再起烦恼？这三个问题，金刚藏菩萨把它称作三种疑惑，而且说得很重，说是要请佛开秘密藏，让末世众生听了能永断疑悔。
佛的回答，先给了一个总的判断：一切世界的始终生灭、前后有无、聚散起止，念念相续，循环往复，种种取舍，全是轮回。只要还没跳出轮回，用这颗轮回的心去辨认圆觉，那圆觉也会跟着流转，想靠这样的心来免于轮回，没有这个道理。佛打了几个比方：眼睛动起来，平静的水面也跟着晃；眼睛定住看旋转的火把，火就像一圈轮子；云在走，看起来像月亮在移；船在行，看起来像岸在退。这些错觉都是因为观察者自己在动，观察者没停，却说外面的事物在动，这是颠倒的。生死轮回的心从来没清净过，却想看清楚佛的圆觉，结果只会跟着转，三个疑惑就是这么生出来的。
然后佛用幻翳和空花的比喻来说明。眼睛有翳病，才看见空中有花；翳病治好了，不能说这翳是什么时候灭的、什么时候还会再起，因为翳和花本来就不是相对存在的东西。空花灭的时候，也不能问虚空什么时候再起空花，因为虚空本来就没有花，谈不上起灭。生死和涅槃，都是起灭相；妙觉圆照，本来就不在花和翳里头。佛又用销金矿作比喻：金子不是靠销炼才有的，本来就在矿里；但已经炼成纯金之后，就不会再变回矿石，经过无穷时间金性也不坏。如来的圆觉也是这样，在妙圆觉心里，本来没有菩提和涅槃的分别，也没有成佛和不成佛的分别，更没有轮回和非轮回的分别。
最后佛点出要害：声闻修到身心语言都断灭的境界，尚且到不了他所亲证的涅槃，何况用有思惟的心去测度如来的圆觉境界。用萤火烧须弥山，点不着；用轮回心看轮回见，想进入如来大寂灭海，到不了。所以佛说，一切菩萨和末世众生，先断无始轮回根本。有造作的思惟从有心起，都是六尘里的妄想缘气，不是真实的心体，已经像空花了；再用这种思惟去辨佛境，等于空花上再结空果，展转妄想，没有是处。虚妄浮心花样越多，越不能成就圆觉方便。佛甚至说，这样分别，不是正问。
这一站接上一站，接得很紧。上一站普眼章讲的是依圆觉修行的次第方便，让众生朗然开解；金刚藏菩萨正是因为听了那些话，才生出这个根本的疑问：既然本来是佛，无明从哪来？佛的回答没有直接解释无明从哪来，而是指出这个问题本身是用轮回心问的，轮回心问不出圆觉的答案。问题不在答案，在提问所用的心。这等于把上一站“修”的功夫，又往前逼了一步：先要认得自己的心还在轮回里，不要再拿这个心来盘算佛境。
下一站弥勒章要处理什么问题，本站没有交代。但金刚藏章已经把话说到了“先断无始轮回根本”，又点明轮回心的思惟靠不住，那么接下来的问题自然就落在：轮回的根本到底是什么，怎么断。弥勒菩萨下一站来问，应该就是顺着这个口子往下开。